Les audits particuliers et les enquêtes sont menés à la demande du gouvernement ou du Conseil du trésor. Ces travaux ont fait l'objet de rapports distincts, lesquels ont été reproduits en annexe des tomes du rapport annuel jusqu'en 2008. Depuis, ils font l'objet d'une publication à part ou sont contenus dans l'un des tomes du Rapport annuel du Vérificateur général du Québec à l'Assemblée nationale.