Les vérifications particulières et les enquêtes sont menées à la demande du gouvernement ou du Conseil du trésor. Ces travaux font l'objet de rapports distincts, lesquels ont été reproduits en annexe des tomes du rapport annuel jusqu'en 2008. Depuis, ils constituent un tome du Rapport annuel du Vérificateur général du Québec à l'Assemblée nationale.